巴珠仁波切对于佛教的一切经、论、说及宁玛派遍智者龙钦巴和吉美林巴尊者、萨迦派萨迦班智达、格鲁派至尊宗喀巴大师等新、旧诸派大德们的著作都作了广泛的闻思学习，完全摒弃了宗派偏见。后来，他亦不分宗派、毫无偏颇地教导各派弟子。如今，一些有分别心的僧众，对其他教派的传承上师不甚敬重，但只要一提起巴珠仁波切，他们都会恭敬赞叹，倍加尊重。因为直到现在各大教派的僧众们都把巴珠仁波切的《普贤上师言教》等著作作为重要的修行法本。

    有一次巴珠仁波切来到一所格鲁派的寺庙。一天早上，巴珠仁波切正坐在经堂里的出家僧众的最后边，这时一位不认识仁波切的、分别心很重的铁棒喇嘛过来了，问道：“你是什么教的？” “佛教。” 巴珠仁波切回答说。铁棒喇嘛生气了：“我当然知道是佛教！但我问的不是这个，我问你是戴黄帽子的还是红帽子的（意思是黄教还是红教）？”巴珠仁波切心平气和地从怀里掏出一顶破破烂烂的、灰色羊皮帽子，说道：“我没有红、黄帽子，只有这顶灰帽子。”