第四世佐钦法王圆寂、第五世佐钦法王被认定后，巴珠仁波切成为第五世佐钦法王的上师。在第五世佐钦法王七岁时，巴珠仁波切给法王传授《大幻化网续部》，随伺的还有法王的经师。对于这位前世是自己至尊上师的第五世佐钦法王，巴珠仁波切十分恭敬。第一天传法时巴珠仁波切把自己的法衣叠好放在枕头上请法王就座，年幼的法王听话地坐上去了。回去后，法王的经师批评了他：“你怎么能坐在巴珠仁波切的法衣上呢！”第二天，巴珠仁波切又如是请法王就坐，法王再不敢坐了，巴珠仁波切转头对经师说：“该教的佛法你不教，不该教的世间法，从昨天晚上到今天早上这么短短的时间你就教了一个！”